A legtöbb ember hallott az emberi genomprojektről - az emberi DNS szekvenálására irányuló hatalmas tudományos projektről, amely az első emberi genetikai kód 2001. évi publikációjában tetőzött. De hallottál már az emberi sejt atlaszról?
Az erőfeszítés során több mint 480 tudós dolgozik, amelyek 185 projekten dolgoznak az emberi test becsült 37, 2 billió sejtjének katalogizálása céljából, az összes szövetből, szervből és rendszerből legalább 10 milliárd sejt szekvenálásával. Az egyes sejtek genetikájának tanulmányozásával a kutatók reménykednek abban, hogy jobban megértsék, mi teszi őket kullancsossá.
Ez a többéves erőfeszítés már jó állapotban van. Amint Kristen V. Brown a Gizmodo-ban beszámol, a kutatók nemrégiben közölték az első nagy adatsort, amely az immunrendszerből származó 530 000 sejtet részletezi.
Az MIT Broad Institute kutatói által összeállított információ az emberi köldökzsinórvérből és felnőtt csontvelősejtekből származik. Az egyedi cellák ezreinek szekvenálása azonban nem könnyű feladat. A sajtóközlemény szerint a kutatók új számítási módszereket alkalmaztak a szekvenciaadatokban a sejttípusok gyors azonosítására, valamint a különféle sejtek genetikai ujjlenyomatának azonosítására. Tanulmányozták a sejtek fejlődését is.
Ezek az új eszközök lehetővé tették a tudósok számára, hogy 224 000 csontvelő-sejtet kezeljék négy felnőtt betegből, ami körülbelül százszor annyi sejttel bír, mint amennyit a legtöbb sejt-szekvencia-kísérlet kezel. A csapat hasonló számú sejtet szekvenált a köldökzsinórból.
„A félmillió immunsejt összegyűjtése és feldolgozása herkules jellegű volt, szorosan összehangolt csapatmunkát magában foglalva számos szakterületen” - mondja Danielle Dionne, a Broad Institute munkatársa a kiadásban.
Ez a legfrissebb adatközlés két, az emberi sejt atlaszból származó korábbi készletet összekapcsol: egy 2000 sejtű mintát az emberi lépből és 6 639 sejt mintát az egér nyirokcsomójából. Ez az új, egymillió sejtes adatállomány nagyságrenddel nagyobb, és hamarosan eltakarja egy újabb 1, 08 millió köldökzsinór, csontvelő és fehérvérsejtek adatkészlete, amelyet a Broad Institute hamarosan kiad. További 250 000 emberi fejlődési sejtet szekvenált egy Atlas munkatárs, de még nem tettek közzé.
Összességében az adatok szilárd első lépés a 10 milliárd sejt elemzése felé. A konzorcium kezdeti célja az atlasz első tervezetének elkészítése, amely 30–100 millió sejtet tartalmaz.
Mint Steve Connor, a MIT Technology Review munkatársa, a Cell Atlas három fő dolgot fog elvégezni. Először szuper-pontos 3D-s térképet készít, amelyben az emberi testben különféle sejttípusok találhatók. Azt is felfedi, mely gének aktívak az egyes sejtekben, segítve a kutatókat annak megértésében, hogy a szövetek hogyan fejlődnek és működnek genetikai szinten. Harmadszor: a kutatás valószínűleg új típusú szöveteket tár fel.
Eddig a kutatók mintegy 300 különféle sejttípust azonosítottak az emberi testben, ideértve a zsírsejteket és az idegsejteket is. Az utóbbi években azonban az új molekuláris elemzések olyan szövetkutatók típusait fedezték fel, amelyek korábban hiányoztak, beleértve két új típusú retinális sejtet és egy új immunsejtet, amely immunszuppresszáló szteroidot állít elő.
Valószínű, hogy az Atlas sokkal több új szövettípust fedez fel. „Látni fogunk néhány dolgot, amire számítunk, és amit tudunk létezni, de biztos vagyok benne, hogy teljesen új dolgok is lesznek” - mondja Mike Stubbington, az Egyesült Királyság Sanger Intézete, a projekt egyik fő együttműködője. "Azt hiszem, meglepetések lesznek."
A nyílt forráskódú atlasz végső célja az, hogy felgyorsítsa az orvostudományi kutatók és biológusok szerte a világon, akik az információkat felhasználják a sejtek fejlődésének tanulmányozására és a precíziós orvoslás új korszakának megteremtésére, célzott gyógyszerekkel és kezelésekkel.
