Indonézia a professzionális paleoantropológia figyelmen kívül hagyott szülőhelye. A 19. század közepén Európában a tudósok először fedezték fel egy kihalt hominid fajt: a neandertalist. Valójában pontosabb azt mondani, hogy a neandervölgyi kövületeket laikus emberek találták meg, akik később ismert anatómisták figyelmét felhívták rájuk. Egy kutató csak 1890-ben ment a mezõbe hominid csontokat keresve. Eugene Dubois, holland orvos, az ősök keresésekor Indonéziába, majd egy holland kolóniába utazott. 1891-ben felfedezte a Homo erectus kövületeit, és megfelelő erőfeszítést tett a hominid vadászatra - és Ázsiát a paleoantropológusok célpontjává tette.
Trinil: Dubois felfedezései Trinil falu közelében, a Java központjában találhatók. Első lelete egy koponyakapocs volt, amelyet eddig 700 000 és 1 millió évvel ezelőtt ismertek. A koponya emberi jellegűnek tűnt, de vastag csontokkal, nehéz szemöldökkel és alacsony, lejtős homlokkal rendelkezett. Egy évvel később, 1892-ben, Dubois majdnem teljes combcsontot hozott vissza, amely szinte modernnek tűnt. Úgy döntött, hogy a csontok kihalt fajhoz tartoznak, amely „hiányzó láncszem” volt a majmok és az emberek között. A Pithecanthropus erectus fajt nevezte el („erekciós majom ember”). Néha Java embernek hívják, a fajt manapság Homo erectus- nak hívják.
Ngandong: A holland kutatók további 19 eredetű H. erectus kövületet fedeztek fel Jávaban az 1930-as években, Ngandong falu közelében, a Java Solo folyóján. A paleoantropológusok a közelmúltban úgy gondolták, hogy a Ngandong csontok a H. erectus nemrégiben jelentett populációját képviselik. Gondoljuk, hogy akár fiatalok is lehetnek, mint 30 000-50 000 évvel ezelőtt, ezek a hominidek neandervölgyiek és kortársak kortársai voltak, akik Európában és Nyugat-Ázsiában élnek. A legfrissebb terepmunkák és randevú elemzések azonban arra utalnak, hogy a Ngandong hominidek sokkal korábban éltek, valamikor 143 000 és 546 000 évvel ezelőtt.
Mojokerto: 1936-ban a Holland Geológiai Szolgálatnál dolgozó asszisztens két-három éves gyermek részleges koponyáját fedezte fel a Java keleti részén. A csapat tagja, Ralph von Koenigswald, egy német paleontológus elismerte, hogy a koponya a korai hominidhez, a H. erectushoz tartozik . Noha az utóbbi években megkérdőjelezték a fosszilis anyag pontos helyét és ennek következtében korát, a tudósok általában úgy gondolják, hogy a Mojokerto koponya körülbelül 1, 8 millió évvel ezelőtt jött létre. Ez teszi az egyik legrégebbi hominid csont, amelyet Afrikán kívül valaha találtak.
Sangiran: 1937 és 1941 között von Koenigswald további H. erectus kövületeket talált a Sangiran telephelyén, a Java központjában. A leletek három részleges koponyát, részleges állkapocsot és tucatnyi izolált fogat tartalmaztak. Ezek a több mint egymillió évvel ezelőtti kövületek segítettek megerősíteni a H. erectus fajállapotának érvényességét . Ma a turisták meglátogathatják a fosszilis helyet, ahol folyamatos ásatások találhatók, valamint egy múzeumot is.
Flores: Indonézia legutóbbi hominid felfedezése nagy megrázkódtatás volt. 2004-ben Indonézia és Ausztrália kutatói csoport bejelentette, hogy szokatlan kövületgyűjteményt találtak az indonéz Flores-szigeten. A csontok egy kicsi agyú hominidhez tartoztak, amely kevesebb, mint négy láb magas volt, és kevesebb, mint 70 kiló súlyú volt - ám néhány fosszilis anyag csupán 17 000 éves volt. A kutatók úgy döntöttek, hogy a „hobbi” egy új fajhoz, a Homo floresiensishez tartozik . Miután a faj őse, talán H. erectus megérkezett a szigetre, a hominid kisebbekké fejlődött, mint egy kisebb szigeten való élethez való alkalmazkodás. A kritikusok szerint azonban a hobbi valójában modern ember, valamiféle növekedési zavarral.
