Miután 1805 novemberében elérte a Csendes-óceánt, a hadtest megalakította Fort Clatsop-ot, az Oregon mai Astoria közelében, téli negyedének. Aztán, 1806. március 23-án, a fáradt felfedezők otthoni és St. Louis felé indultak. Kivonták a lovaikat a Nez Percé indiánoktól és átmentek a Bitterroot hegységben. Az expedíció két partra osztódott a mai idahoi Lolo közelében, hogy alaposabban felfedezzék az országot a visszatérő út során; a csoportok több mint egy hónapig szétválnának. Ezen idő alatt Lewis társaságát támadták meg a fekete lábú harcosok, akik közül kettőt meghaltak a harcokban, az expedíció egyetlen vérontása. Röviddel ezután a félvak vak magán Pierre Cruzatte félrevezette Lewist egy jávorszarvas felé, és a combba lőtte. Mire Lewis újraegyesült Clarkkal, a lába majdnem javult. 1806. szeptember 23-án, eljutva a St. Louis-hoz, Clark megjegyezte: "Az egész faluban találkoztunk, és utálatos fogadtatást kaptunk." A hadtest 8000 mérföldes utazása véget ért.
őrmester John Ordway
Ordway őrmester, a hadtest egyik tagja, segített megszervezni az expedíció első téli táborát St. Louis közelében. A többi őrmesterhez hasonlóan Ordway is naplót vezetett, ám ő volt az egyetlen, aki napi bejegyzést rögzített. 1806. szeptember 21-én, amikor a holttest eljutott Szent Károlyhoz (a mai Missouriban), Ordway ezt írta: "Este felé, amikor a Szent Károlynál szálltunk fel, három lövöldözést indítottak, és a város alsó végén táboroztak." A város a bank partján gyűlt össze, és aligha tudta elhinni, hogy mi mi vagyunk, mert hallottak és azt hitték, hogy valamennyien meghalunk és megfeledkeztünk róla. "
Az ősszel Ordway Lewist és a mandan és osage indiánok küldöttségét is elkísérte Washington DC-be, hogy megvitassák az Egyesült Államok jövőbeli kereskedelmét e törzsekkel. Később 300 dollárért eladta a folyóiratot Lewisnek és Clarknak, majd a Missouri Territóriumba költözött, ahol feleségül vette és földterületet kezdett New Madrid közelében. 1811 decemberében három jelentős földrengés sújtotta a területet; 500 és 1000 ember vesztette életét. Mire egy ötödik földrengés, 1812. február 7-én történt, alig maradt egy ház, és New Madrid szellemvárossá vált. Ezután Ordwayről keveset tudunk; a tudósok azt gondolják, hogy a mezőgazdasági földterületet használhatatlanná tették volna a földrengések miatt, és hogy szegénységben halt meg.
Lewis Meriwether kapitány
1806. szeptember 23-án Lewis azt írta Jefferson elnöknek: "Örömmel jelenti benned, hogy biztonságosan megérkezem és bulizom. A megrendeléseinkre való engedelmesség mellett Észak-Amerika kontinensét a Csendes-óceánba büntettük., és elegendő mértékben feltárták az ország belsejét, hogy bizonyossággal megerősítsék, hogy a Missouri és a Columbia folyók hajózható ágainak segítségével felfedeztük a leggyakoribb útvonalat, amely a kontinensen átmenetileg létezik. "
Lewist és Clarket egyaránt nagylelkűen jutalmazták szolgáltatásukért, mindegyik nagy parcellákat és kettős fizetést kapott. Jefferson elnök 1807 márciusában kinevezte Lewis felső Louisiana-i kormányzójává; megmagyarázhatatlanul Lewis egy évet várt, mielőtt elindult St. Louisba, hogy megkezdje új feladatait. Ott volt, amikor adósságba került, földvásárlással és az expedíció folyóiratának közzétételre készítésével. James Madison elnök, aki utódja a Jeffersonnak, nem volt hajlandó visszatéríteni neki a Mandan és Osage küldöttségének szülőföldjére való visszatérését kérő költségeket, és William Eustis háborús miniszter azt állította, hogy Lewis profitálni fog az alapokból. 1809 augusztusában egy bajba jutott Lewis írta Eustisnak: "Soha nem kaptam egy fillért sem az állami pénzt ... Tájékoztattam, hogy ellenem állnak ellenvetéseket. - Bárcsak kívánom, hogy teljes körű és tisztességes nyomozás folyjon." 1809 végén Lewis elhagyta St. Louis-ot Washington DC-be, hogy tisztázza nevét. Súlyosan depressziós, Lewis úton öngyilkossági kísérletet tett kétszer. Miután október 10-én megérkezett egy középházba Tennessee-ben, a 35 éves felfedező két pisztollyal lövöldözve fejezte be életét.
James Neelly, a Chickasaw Nation indiai ügynöke azonnal írta Thomas Jeffersonnak: "Nagyon fájdalmasan kell értesítenem Önöket, Meriwether Lewis, Louisiana felső kormányzójának, aki a 11. pillanat reggelente halt meg, haláláról. és sajnálom, hogy az öngyilkosság elmondta. [Én] annyira tisztességesen temették el, amennyire csak tudtam abban a helyen - ha van valami, amit a barátai szeretnének tenni a sírjához, betartom az utasításokat. "
Lewis halála után a Madison kormány beleegyezett abba, hogy kifizeti a vitatott számlák egyenlegét.
William Clark kapitány
Bár Clark nem kapta meg a Lewis által javasolt kapitánybizottságot, Clarknak két kinevezést kaptak: a milícia dandártábornokát és az indiai ügyek felettesét Louisiana felsõ részén. 1813-ban kinevezték a Missouri Terület kormányzójává, amelyet 1820-ig töltött be. Lewis halála után az expedíciós folyóiratokat Clarknak küldték, aki Nicholas Biddle szerkesztőhöz adta át őket. A két kötetes folyóiratokat 1814-ben mutatták be a nagyközönségnek, tíz évvel azután, hogy a testület megkezdte epikus útját; közzétételük kevés felkelést váltott ki.
Clark életrajzosa, Landon Y. Jones megjegyzi: "Az expedíció után 30 évig William Clark a nyugati vezető szövetségi tisztviselőnek, a hat elnök pontszerzőjének, Jeffersontól Van Burenig állt, aki bízott benne, hogy az amerikai érdekek védelmében a területen amelyet mind Nagy-Britannia, mind Spanyolország keserűen vitatta. " Clark megtestesítette korának ellentmondásait; Miközben arra buzdította a kormányt, hogy méltányosan kezelje az indiánokat, az általa megkötött szerződések tízezrek áthelyezését kényszerítették. Clark 1838-ban 68 éves korában halt meg elsőszülött fiának, Meriwether Lewis Clarknak a St. Louis-i otthonában.
Sacagawea
Hét évvel a Shoshone-val való újraegyesítés után Sacagawea és férje a Fort Manuelnél, a mai Bismark közelében, Észak-Dakotában, a kereskedelmi állomáson jelentkeztek, ahol Toussaint tolmácsként dolgozott a Missouri Fur Companynál. Henry Brackenridge újságíró azt írta, hogy Sacagawea beteg volt, és "vágyakozik arra, hogy újból meglátogassa szülőföldjét". Soha nem kapott esélyt. 1812. december 20-án John Luttig, az erőd vezető tisztje, naplójában azt írta, hogy Sacagawea "meghalt egy lázas lázban, amely jó és a legjobb nő az erődben". Kb. 25 éves lett volna. Két biológiai gyermeket hagyott hátra: a 7 éves Jean Baptiste és a 4 hónapos Lisette.
A következő évben Luttig, esetleg William Clark képviseletében (akinek azért dolgozott) petíciót nyújtott be a St. Louis-i árvák bíróságához Jean Baptiste és Lisette gyámságáért. (Addigra Toussaintnak feltételezték, hogy halott, mivel hat hónapja nem láttak.) Luttig nevét végül áthúzták a petícióban, és Clark helyébe lépett, aki legalább a Baptiste oktatásáért fizetett. (Baptiste később Európába utazott, ahol hat évig maradt. Amikor visszatért az Egyesült Államokba, csapdában dolgozott Jim Bridgerrel és Kit Carsonnal.) Lisette és Sacagawea unokaöccse sorsa ismeretlen.
Jean Baptiste
Az expedíció során William Clark nagyon szerette Sacagawea gyermekét, őre lett, később pedig egy St. Louis bentlakásos iskolában finanszírozta képzését.
Baptiste életének ismert tényei kevés. 1823-ban Paul Wilhelm Friedrich Herzog, a németországi württembergi herceg meglátogatta a mai Kansas City-i kereskedelmi posztot, ahol találkozott az akkori 18 éves emberrel, aki idegenvezetõként és tolmácsként dolgozott. A kettő Európába utazott, ahol Baptiste hat évig maradt. Gyermeket született egy német nőnél, de a kisfiú, egy fiú, három hónap után meghalt, és Baptiste visszatért az Egyesült Államokba. West felé vezetett, végül csapdaként dolgozott Jim Bridgerrel és Kit Carsonnal.
Baptiste Kaliforniában telepedett le, és alcalde vagy bíróként szolgált a San Luis Rey misszióban. 1866-ban csatlakozott az aranykutatókhoz, a Montana Terület irányába. Útközben tüdőgyulladást fejtett ki és nem sokkal ezután, 61 éves korában, Oregonban, az Idaho határ közelében halt meg, miután az expedíció összes tagját Sgt kivételével túlélte. Patrick Gass.
York
Az expedíció befejezése után Clark 1807-ben St. Louisba utazott, hogy a felső Louisiana-i terület indiai főügynökeként tevékenykedjen, és magával hozta Yorkot. A két férfi között szakadék alakult ki: York Kentucky-ban akart maradni, a felesége közelében, akit szinte öt év alatt nem látott. Ezenkívül petíciót nyújtott Clarknak a szabadságáért - valószínűleg a kettős fizetésre és a 320 hektáros földterületre gondolva, amelyet a többi ember kapott az expedíción végzett szolgálatáért. Ezek a kérések Clarknak rabszolgaságból feltehetően feltételezhetőnek tűntek. Clark végül megengedte Yorknak, hogy 1808-ban visszatérjen Kentucky-ba egy rövid látogatásra. Clark írta testvérének, Jonathannak: "Ha york megpróbál elmenekülni, vagy megtagadja a rabszolgaként való kötelességének bizonyítását, bárcsak elküldöm New Orleans-ba és eladni, vagy bérbe adni valami súlyos mesterhez, amíg úgy gondolja. jobb az ilyen magatartás. "
Néhány hónappal később a testvére számára néhány hónappal később levélben (a Jonathan Clark Papers-ben - a Templom-Bodley Gyűjtemény a Louisville-i Filson Történelmi Társaságnál) írta: "Szerettem volna jó dolgot tenni tőle, de mivel ilyen volt egy elképzelés a szabadságról és az őt kiváltó Szolgáltatásokról, hogy nem gondolom, hogy ismét sokkal szolgál majd nekem; szerintem vele nem hiszem, hogy szolgálatai olyan nagyok voltak (vagy a helyzetem arra ösztönözne, hogy felszabadítsam). "
York 1809 elején visszatért a St. Louis-ba, de Clark továbbra is kedvezőtlenül nézett rá. "Itt van, de nagyon kevés szolgálatot tett nekem" - írta Clark Jonathannak. "[York] szánalmas és Sulky, a másik napon súlyos fájdalmat adtam neki, és Sence sokat javította."
York utolsó említése William Clark leveleiben 1809 augusztusában jelent meg; Clark annyira elégedetlen volt vele, hogy elhatározta, hogy béreli vagy eladja. John O'Fallon, Clark unokaöccse, 1811-ben írta: "Lejárt az a megbízatási idő, amelyre [York-t] tegnap Mr. Mr.-nek béreltek, de azt hiszem, hogy kérem, hogy Fitzhugh úr újra kérje, körülbelül hét mérföldnyire élt Mitchell-nek. ebből a helyről .... meggyőződésem, hogy ő közömbösen öltözködött, ha egyáltalán fiatal volt. "O'Fallon emellett megjegyzi, hogy York felesége a gazdájával és a ház többi részével Mississippibe költözött; valószínűtlen, hogy York és felesége újra találkoztak egymással. Tíz évvel az expedíció vége után Yorkot még mindig rabszolgává tették, és a Clark család kocsijának dolgozott.
1832-ben Washington Irving író interjút készített Clarkkal és megkérdezte York sorsát. Clark azt válaszolta, hogy végre szabadon engedte York-t, és meglepően azt mondta, hogy korábbi rabszolgája nem elégedett a szabadságával, és megpróbált visszatérni Clarkba - holott meghal a kolera.
De ugye? 1832-ben Zenas Leonard szőrmekereskedő, a Wyoming északi-középső részén lévő varjú faluban látogatott "talált egy négeres embert, aki arról tájékoztatta, hogy először Lewissel és Clarkkal jött ide az országba - akikkel szintén visszatért Missouri államba, és néhány év múlva ismét visszatért Mackinney úrral, a Missouri-folyón lévő kereskedővel, és azóta itt marad - azaz körülbelül tíz vagy tizenkét év. "
2001. január 17-én Clinton elnök posztumálisan előléptette York-ot a rendes hadsereg tiszteletbeli őrmester rangjába.